后来的调查证实了这一判断，专家们得出一致结论：飞机内部发生了爆炸。
具体经过是这样的：俄罗斯空军歼击机发射导弹击中飞机，此后飞机又飞行了17公里，到达中立水域上空后爆炸。爆破专家认为，飞机是因内爆而解体的，爆炸威力相当于4吨tnt炸药。而俄罗斯的导弹根本没有如此大的威力。
专家当时就认定，飞机内部发生了爆炸。因为其残片是均匀散落的，而且没有发现大的残片，足见爆炸之威力。
因此可以推论出：这是一架间谍飞机。机组人员身上估计装有遥控设备，一旦迫降，可将飞机炸毁。这样，机上的侦察设备和一切秘密装置便会荡然无存。
另外，这架波音747飞机的此次飞行有许多奇怪之处。
从安克雷奇起飞时，飞机补充了4吨燃油，而飞往首尔根本用不了这么多燃料。
此外，飞机起飞时间延后了40分钟，结果当它飞临俄罗斯边界时，美国的侦察卫星正好抵达堪察加上空。
这时，伊万在旁补充道：“俄军方当时已发现，飞机在向卫星发送密码文件。另外还有一点使人产生怀疑。我们在附近部署有两个导弹营，而飞机刚好从二者之间的缝隙中穿过，谁都打不到它。”
“据当时的战斗机飞行员回忆，起初他想让波音飞机迫降，并发出了国际通用的信号。随后他开炮射击以示警告，炮弹从波音客机前方呼啸而过，炮口喷出的火舌在地面上都清晰可见。但对方先毫不理会，然后突然加速逃跑。他紧追不舍，在得到击落对方的命令后发射了导弹。”
不过这个飞行员曾亲口告诉伊万：“我只是击伤了波音飞机，并没有击落它。我亲眼看着它飞离现场。”
下达开火命令的是航空师师长努科夫少将，他后来受命与波音客机乘员组家属会面时直接表明了自己的疑惑，“波音747客机装备了现代化导航设备，它大大偏离了航线，为什么机组人员却不知道？也没有能够及时修正航向？为什么机组人员对歼击机发出的信号和警告性射击毫无反应？美国和日本的地面监控人员为什么始终没有采取任何措施，纠正波音飞机的航向错误，坐视悲剧发生？为什么不与俄方联系，告知必要的数据？”
这里还有一个问题：俄罗斯领导当时在哪里？为什么击落客机这样一个生死攸关的决定来自一位师长？
原因很简单：当时的俄罗斯领导正躺在医院里，从他保镖那里得到的消息是，那天我守在总统身边，寸步不离。国防部长突然打来电话，想和他商讨韩国客机一事。但他感觉很不舒服，谁也没敢去打扰。保镖自己不敢擅作决定。总参谋长也不敢下令击落飞机。外交部、国防部和国家安全局都在等着上面的指示。
而此刻，最高领导层实际上已陷入瘫痪状态。
这架波音747飞机上到底有多少人，同样是个不解之谜。
打捞情况表明，机上乘客最多不超过29人。可是为什么有269人的行李呢？
而且奇怪的是，这些行李都被串绑在了一起。
伊万认为，此举的目的显然是为了防止水流将行李冲走，这样就可以证明共有269人死亡，而实际的情况极有可能是，这些乘客在安克雷奇机场起飞前就离开了飞机。
参与调查此事的多个国际委员会都承认，俄方的做法是符合国际惯例和国际法的。虽然有不少西方国家指责俄方违反人道主义的做法，但时至今日，没有人对俄罗斯正式提出指控。俄罗斯也没有给予受害者家属任何赔偿。
俄总统后来访问首尔时，曾正式向韩国受害者家属道歉，但并不代表也向韩国政府道歉，并隆重地将那架波音客机的两个黑匣子交给了韩方。
但令韩方大失所望的是，黑匣子是空的，因为俄罗斯总统办公厅主任当时递给总统的就是两个空匣子。
俄罗斯总统得知此事后大怒，当即将这位倒霉蛋解职。
而黑匣子里的胶片却因此留在了俄罗斯，事实上，它就在太平洋舰队总部所在地，符拉迪沃斯托克，那里藏着所有本次事件的政治黑幕。
叶承欢认真的听完后，眼睛闪了闪：“普罗米修斯，你知道的，黑暗风暴不为任何政治势力服务，我们是自己的主宰。”
“魁首，我很明白您的意思，这一次我们不是为了要服务于哪个国家或政治势力。这件事牵扯了两个超级大国，甚至有可能成为核战争的导火索，我们不是环保学家，也不是和平主义信使，但这件事只要我们做了，无论将来产生什么影响，对我们都是有利的。”
“哦，这话怎么说？”
“黑匣子数据记录着美国人在这次事件背后一切不光彩的证据，只要一天在俄国人手里，美国佬就一天不放心。他们做贼心虚，一心想拿回黑匣子数据，销毁这场政治阴谋的一切罪证，可是他们的三大情报机构全都被俄国人盯死了，没有半点儿机会下手。这就给我们创造了一个绝佳的条件。更重要的是，根据我们掌握的可靠消息，黑水也已经盯上了那件东西，而且他们派出的秘密特工已经潜伏到俄罗斯太平洋舰队司令波波夫将军的身边，如果我们再晚一步的话，黑匣子数据随时都有可能落到他们手里。”
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